Союз чем в своём сравнительном значении передаёт тот же смысл, что и союз нежели. Разница между ними только в стилистическом оттенке.

Древнерусское нежели (церковнославянский вариант негъли) из-за меньшей воспроизводимости на фоне чем воспринимается как старое, книжное. А слово чем в языке полифункционально и может выступать в качестве разных частей речи с разными контекстуальными значениями. Оно более универсальное и частотное — поэтому нейтральное. У нежели значение только одно и оттенок тоже один, что будто бы «отбрасывает» его назад и напоминает о его древности.

В том числе по этой причине происходит утрата значения — десемантизация нежели на фоне чем. Когда в языке есть более универсальный и нейтральный элемент, синонимичный менее универсальному, первый оказывается более сильным и вытесняет второй.

Получается, что нежели добавляется носителями в сочетание нежели чем как элемент стиля, для оттенка книжности, для придания важности. При этом нежели привносит только стилистический компонент, а чем даёт основное значение сравнения.

Тенденция к вытеснению очевидна, но такое сочетание всё ещё считается ошибочным, тавтологичным, поскольку в итоге получается «чем чем». Правильным будет выбор одного из вариантов: чем — для нейтральной речи, нежели — для стилизованной.

«Нечаев был человек, который предпочитал спокойно властвовать и командовать, нежели рассуждать».

«В Виргинском преломились одновременно черты Успенского и Кузнецова, в основном же он больше похож на петрашевца, чем на нечаевца».

«Бесы», Ф.М. Достоевский