Трудности с написанием слова “пенаты” связаны с несколькими факторами.

Во-первых, это позиция звука в слове. Существуют разные подходы к транскрибированию слов в разных фонетических школах и разные варианты того, как мы могли бы обозначить звук, стоящий после [п]. Но можно с уверенностью сказать: произнося слово “пенаты” после мягкого [п’] мы слышим что угодно, но только не чёткое [jэ], то есть – не “е”. Мы слышим [и] или нечто похожее на этот звук. Дальше срабатывает известное “как слышим, так и пишем”.

А получается так из-за второго фактора: не все знают, что значит слово “пенаты”. Носители языка используют его в устойчивом сочетании “родные пенаты” и, конечно, употребляют, не задумываясь об этимологии. Ошибиться в написании слова, “внутренности” которого — загадка, очень легко.

Слово, конечно, заимствованное — пришло к нам через нем. pеnаtеn или франц. рénаtеs (мн.) из лат. реnātеs. А обозначало оно в древнеримской мифологии богов-хранителей, которые оберегали семью, домашний очаг и государство.

После произошел перенос, и мы стали называть сам дом и очаг по названию этих духов. Так и появилось устойчивое сочетание “родные пенаты”. Также слово используется в речи в контекстах “вернуться к своим пенатам / в свои пенаты”.

Обратите внимание, что в родительном падеже у слова “пенаты” нет формы “пенат” — только пенатов. Так, правильно “родных пенатов”.

Выражение это не нейтральное, поскольку сохраняет свою метафоричность, и в словарях дается с различными пометами, например, “шутливое”.